El 26 de febrero de 1875 se renovó de nuevo la "cuestión universitaria". Las disposiciones de esa fecha establecieron la obligatoriedad de que el Ministerio aprobara los libros de texto y los programas de las asignaturas, tanto en las Universidades como en los Institutos de Bachillerato. Además, se envió una circular a los rectores para que nada en las clases ni en los manuales menoscabara el dogma católico, la sana moral ni la Monarquía. De este modo, se atacaba de nuevo la libertad de cátedra. El 5 de marzo protestaron contra estas medidas dos catedráticos de la Universidad de Santiago, que fueron inmediatamente separados y dados de baja en el escalafón. El 25 y 31 del mismo mes se manifestaron también en contra Giner, Salmerón y Azcárate, que además de padecer las consecuencias académicas ya citadas, fueron confinados por negarse a rectificar. En total se dieron 37 protestas, de catedráticos de Instituto y de Universidad. Este es el acontecimiento que puso en marcha la fundación de la Institución Libre de Enseñanza, ocurrida el año 1876 y llevada a cabo por los tres profesores destituidos ya mencionados y algunos otros intelectuales o políticos liberales. En principio quisieron organizar una Universidad privada, pero careciendo de recursos humanos y materiales para ello, pasaron de la idea inicial a otra más modesta, la fundación de un colegio. De cualquiera manera, dado el control que el Estado ejercía en la Educación Superior, se hacía imposible la creación de una auténtica Universidad. A lo máximo que hubieran podido aspirar los promotores hubiera sido a un centro que preparara a los alumnos para realizar los exámenes oficiales en la Universidad oficial. Y no era esto, ni mucho menos, lo que pretendían.

Junta de la Institución Libre de Enseñanza

El alma de la Institución Libre de Enseñanza fue Francisco Giner de los Ríos. Vivió la Revolución del 68 en plena juventud (tenía 29 años) y concibió esperanzas para el futuro de España en aquella generación. Pero su decepción fue grande al comprobar que repetían los errores de quienes habían sido derrocados. Por eso perdió para siempre la fe en las revoluciones y sacó la consecuencia de que sólo la educación era capaz de reformar España. En ello puso su ímpetu a partir de aquel momento, en la formación de una nueva generación de hombres, convencido de que la suya, la de la Revolución del 68, había fracasado por la pésima formación recibida.

Según uno de sus más fieles seguidores, José Castillejo, secretario general de la Junta para Ampliación de Estudios, el programa de la Institución Libre de Enseñanza se centró desde el principio en el adiestramiento del carácter y en la educación moral. Se trataba de formar la personalidad individual para contrarrestar las ideologías de la igualdad y la veneración por la masa que ya empezaban a hacerse sentir en el último tercio del XIX; su ideal era la tolerancia y la equidad; los buenos modales se entendían como una combinación de libertad, dignidad y gracia, y eran percibidos por Giner como una forma esencial de intercambio social y respeto mutuo. La educación así entendida aspiraba a la aristocracia del espíritu. En religión, la idea de Giner era formar mentes elevadas pero con independencia de los dogmas de un credo particular.

La figura humana cultivada por la Institución Libre de Enseñanza era la de hombres con vocación docente, investigadores, puritanos, europeístas, pulcros en el vestir, de buenas maneras, enemigos de la violencia, pero muy radicales ideológicamente. Se trataba de un sistema educativo reformador sostenido por la neutralidad religiosa militante.

La influencia de la Institución pronto superó el ámbito de su mera condición de escuela privada. Por una parte, en 1882 Giner fue repuesto en su cátedra. Desde allí, a través de los cursos de doctorado, su magisterio logró una amplia difusión y la formación de un nutrido grupo de discípulos que irradiaron las ideas institucionistas por las Universidades de España. Por otra parte, los alumnos, antiguos alumnos y familiares de la Institución formaron enseguida una especie de 'comunidad espiritual' sin la cual no se podría entender cabalmente la incidencia social de los reformadores.

El ideal de hombre educado lo vio personificado Giner en el gentleman inglés. Conoció Eton y Oxford y se sintió irremediablemente atraído por esas costumbres y ese estilo: personalidad cultivada, ejercicio físico, buenas maneras y educación social, tolerancia, espíritu y libertad.

Poco tenía que ver todo ello con las características de la educación española en sus diversos niveles, especialmente el universitario. A Giner y a los hombres de la Institución les preocupaban muchos aspectos de la enseñanza superior. Castillejo los enumeró al describir la situación de la Universidad española entre finales del XIX y principios del XX: unos centros sin investigación y con falta absoluta de medios indispensables como libros, laboratorios o salas de reunión; con un cuerpo docente cuya enseñanza se resumía en dar conferencias y con unos alumnos que estudiaban más de la mitad de ellos por enseñanza libre, lo cual se traducía en atracones para realizar los exámenes y lograr así terminar la carrera en un tiempo reducido. Ni Residencias, ni Colegios Mayores, ni vida corporativa de ningún tipo. Los que iban a clase deambulaban por las calles entre conferencia y conferencia, haciendo el lugar intransitable.

El propio Giner describió al estudiante español con los siguiente rasgos: jóvenes que hacían mucha vida de teatro, de café, de casino; que iban mucho a los toros pero casi desconocían el ejercicio físico, las excursiones o las salidas al campo; que leían poco y casi sólo periódicos; y que sufrían un sucio hospedaje y recibían una mala bazofia soportados en parte por sobriedad y en parte por atraso. Digamos que la situación era tal que nada aportaba frecuentar las aulas como alumno oficial. El título era un paso necesario para ingresar en un ámbito profesional de cierto nivel (cuerpos del estado fundamentalmente, abogacía, ejercicio de la medicina...), pero se podía conseguir estudiando por libre determinados manuales, y en menos tiempo.

A pesar de sus reticencias hacia todo lo estatal, la Institución Libre de Enseñanza nunca fue ajena por completo a la influencia en las esferas oficiales. Como siempre, dependía de quien detentara el poder. Los gobiernos liberales, desde 1881, fueron habitualmente permeables a sus sugerencias. Ya en aquellas fechas dos destacados institucionistas, los profesores de la Universidad de Oviedo, Aniceto Sela y Rafael Altamira, propusieron algunas reformas que entonces parecieron no cuajar, pero que al cabo del tiempo se concretaron en la Junta para Ampliación de Estudios y en las becas a jóvenes profesores para formarse en el extranjero. En 1900, con la creación del Ministerio de Instrucción Pública (hasta entonces los asuntos educativos dependían de Fomento) las ideas de la Institución comenzaron a influir de manera más decisiva en la organización de la vida universitaria.

Estos años puente entre el siglo XIX y el siglo XX se convirtieron en el momento de empuje decisivo de las ideas de la Institución Libre de Enseñanza. Pese a las reticencias de Giner hacia todo lo estatal, sus seguidores asumieron y lideraron un proceso de renovación dirigido por una minoría y desde el aparato administrativo del Estado. Se situó la Institución en aquellos momentos en el centro decisivo de la política educativa nacional con un programa pedagógico e ideológico claro. Los fundamentos de sus reformas estaban presididos por la libertad de cátedra y la libertad de conciencia. Los medios consistieron en una reorganización administrativa de la educación de corte laicista.

Así, a partir de 1907, empezaron a surgir organismos desde el aparato administrativo del Estado pero dejados en buena medida a la dirección de la Institución Libre de Enseñanza: en 1907 la Junta para Ampliación de Estudios e Investigaciones Científicas; en 1909 la Escuela Superior del Magisterio; en 1910 la Residencia de Estudiantes; en 1911 la Dirección General de Enseñanza Primaria; en 1915 la Residencia de Señoritas; y en 1918 el Instituto-Escuela. El hecho de surgir de las estructuras administrativas del Estado aseguraba su dotación económica (aunque en España los presupuestos para educación nunca han gozado de exceso de recursos). Por otra parte, al ser su dirección ajena en buena parte a este mismo Estado, se aseguraba la eficacia de la orientación pedagógica renovadora, laicista y de neutralidad religiosa.