Comentario
Un eclesiástico, Juan Rodríguez de Fonseca, será durante 30 años (1493-1523) la máxima autoridad para los asuntos indianos, primero como asesor y persona de confianza de los Reyes Católicos y luego como consejero de Castilla (1504), institución a la que inicialmente correspondía la jurisdicción sobre las nuevas tierras y en la que Fonseca presidió una junta de tres miembros que desde 1519 los documentos citan como los del "Consejo que entienden en las cosas de Indias". A partir de esta junta se forma el Consejo de Indias, cuya creación oficial como organismo independiente del de Castilla se produce en 1523, aunque hasta el año siguiente no se nombra presidente, retraso debido a la enfermedad y muerte de Fonseca, quien sin duda estaba destinado a presidirlo. Directamente subordinado al rey, el Consejo se trasladaba con la corte fijando su residencia permanente en el Palacio Real de Madrid a partir de 1561, sin que nunca se planteara la posibilidad de establecerlo en América. Durante casi dos siglos será un verdadero Consejo colonial, con jurisdicción sobre todos los territorios, asuntos y organismos indianos, incluida la Casa de la Contratación. Y se encargará de elaborar todas las leyes relativas a las Indias, aunque con un carácter consultivo, que requería la aprobación real de las propuestas, que se elevaban al rey en un documento llamado consulta. El esfuerzo legislador se completa con trabajos codificadores y recopiladores de toda la normativa, como la Recopilación publicada en 1681, en cuatro gruesos volúmenes.
El Consejo asumió todas las funciones administrativas, judiciales y fiscales, aunque a veces su exclusividad se rompía y se convocaban Juntas especiales con participación de personas ajenas al Consejo (por ejemplo, la que en 1542 elaboró las Leyes Nuevas). Eran tareas suyas proponer los nombramientos de todos los altos cargos civiles y eclesiásticos, actuar como tribunal supremo de justicia, fiscalizar la política económica y el funcionamiento de la Casa de la Contratación, supervisar las cuentas americanas. La amplitud de atribuciones se sumaba a la complejidad de los trámites y la tendencia a un tratamiento meticuloso y cuidadoso que retardaba mucho la resolución de los asuntos (y generó una inmensa mole de papeles actualmente depositados en el Archivo General de Indias de Sevilla).
La composición del Consejo sufrió muchos cambios. Contó con un presidente -con frecuencia miembro de la nobleza- y un número variable de miembros o consejeros (usualmente diez, pero a veces llegan a diecinueve), en su mayoría juristas o letrados, que tienden a ver los problemas americanos desde una perspectiva legalista. En el siglo XVII se introducen los consejeros de capa y espada, personas que hubieran tenido alguna experiencia americana, pero siempre fueron minoritarios. Otros cargos fueron: gran canciller de Indias (honorífico), y una serie de funcionarios secundarios, como fiscal, secretario (desde 1596 habrá uno para la negociación del Perú y otro para la de Nueva España), tesorero, contador, cosmógrafo y cronista mayor (cargo creado en 1571 con la misión de escribir la historia oficial de las Indias, siendo el primero Juan López de Velasco, autor de la Geografía y Descripción Universal de las Indias, primer estudio de conjunto de aquellas tierras, hecho a partir de informaciones de primera mano enviadas por las autoridades indianas) y otros empleados y subalternos. Para delimitar tareas, se establecen departamentos específicos en el seno del Consejo, como la Cámara de Indias, para proponer candidatos a los cargos, y la Junta de Guerra, en este caso de carácter mixto, con miembros del Consejo de Guerra.
A comienzos del siglo XVIII el Consejo pierde su papel de máximo órgano rector de la política indiana, que en adelante será diseñada y aplicada desde los nuevos ministerios o secretarias: primero la Secretaría del Despacho Universal de Marina e Indias, creada en 1714 y desde 1754 la Secretaría de Indias, que en 1787 se desdobla en dos, una de Hacienda y otra de Gracia y Justicia, desapareciendo ambas en 1790 cuando los asuntos indianos se adjudican, según materia, a los otros departamentos del gobierno. En cuanto al Consejo de Indias, desde 1717 sólo conservó funciones judiciales y de asesoramiento, y fue eliminado en 1812 por las Cortes de Cádiz, aunque su desaparición oficial se producirá en 1834.