Comentario
El máximo interés de Napoleón era lograr la intervención de España en Portugal, el inveterado aliado de Inglaterra. Para lograr ese fin, al que era reticente Carlos IV por motivos familiares, ya que el rey portugués era su yerno, Bonaparte contaba con la ambición personal del Príncipe de la Paz y con la presión diplomática que podía ejercer a través del embajador de Francia en Madrid, su hermano Luciano. Godoy no había olvidado que su negativa a atacar Portugal en 1798 había contribuido a su sustitución por Saavedra-Urquijo, y las intimidaciones de Napoleón eran continuas y harto explícitas, como testificaba en su correspondencia José Nicolás de Azara, reintegrado a la embajada de París desde finales de diciembre de 1800. En una de sus cartas, Azara se hacía eco del tono de la amenaza transmitida por Napoleón en una de sus conversaciones: "Es posible pues, me dijo, amigo Azara, que sus amos de Vm. estén tan cansados de reinar, que quieran exponer su trono provocando una guerra cuyas resultas pueden ser las más funestas".
Godoy y Luciano convencieron a Carlos IV que una guerra rápida con Portugal sería beneficiosa para la familia real portuguesa y que, incluso, podría colaborar así a salvar el trono luso, pues al liberarlo de su alianza con Inglaterra se impedirían los planes napoleónicos de situar en Lisboa a un monarca satélite de París.
Godoy, nombrado generalísimo en enero de 1801, anunció que atacaría Portugal si éste no cumplía rápidamente dos condiciones, expuestas a modo de ultimátum: la ruptura de relaciones con Inglaterra, con el consiguiente cierre de los puertos portugueses a la flota británica; y la cesión de una parte del territorio portugués a los españoles hasta que los ingleses devolvieran la isla de Trinidad a España y la de Malta a Francia.
El 27 de febrero de 1801 se efectuó la declaración de guerra, aunque los combates no se iniciaron hasta mediados de mayo, dado el escaso interés español a causa del cambio de gobierno en Inglaterra. Pitt fue sustituido por Addington, lo que abría la posibilidad de negociar con los nuevos responsables de la política inglesa, esperanzas de negociación que desaparecerían caso de atacar Portugal. Es por ello por lo que en el mes y medio posterior a la declaración de guerra la campaña se limitó a dificultar la entrada de buques británicos en los puertos portugueses, pues el propósito prioritario de Carlos IV seguía siendo separar a Lisboa de la órbita de Londres o, al menos, obligarla a la neutralidad, ímpidiendo así que sus puertos sirvieran de refugio a la flota británica.
El 19 de mayo se realizó un ataque español limitado. Fue una contienda brevísima, conocida como la Guerra de las Naranjas, por el envío a la reina de un obsequio consistente en un ramo de naranjas portuguesas, objeto de chanza por parte de la oposición a Godoy, que divulgó sátiras más o menos ingeniosas, pero todas malévolas, sobre las relaciones entre el ministro y María Luisa. Tras la toma por los españoles de la ciudad de Olivenza, muy próxima a la frontera extremeña, dos semanas después se iniciaron conversaciones de paz, que finalizaron al poco tiempo con el Tratado de Badajoz, firmado el 8 de junio, por el que Portugal aceptaba cerrar sus puertos a los navíos ingleses, cedía Olivenza a España, tomando el curso del Guadiana en aquella parte como frontera natural entre los dos países, y a Francia un territorio al este de la Guayana, entre Oyapock y el Amazonas, y se comprometía a firmar con la República un tratado comercial y a pagar indemnizaciones por valor de 15 millones de libras. El resultado de la guerra hispano-portuguesa no fue del agrado de Napoleón, que deseaba la conquista territorial de Portugal para negociar con Inglaterra la devolución de Menorca, Malta y Trinidad, por lo que decidió acentuar la subordinación de España a los intereses de la política francesa.