A pesar de la dramática disminución de la población indígena, ésta siguió siendo mayoritaria en gran parte de los territorios americanos. A mediados del siglo XVII, se estima que la población india en Nueva España ascendía a un millón y medio de personas lo que supone el 80% de la población total; mientras que blancos, negros, mulatos y mestizos suponían en la misma época el 20% de la población.

La vida de las mujeres indígenas fue modificada profundamente desde los inicios de la colonización. La evangelización y la consiguiente aculturación supusieron un cambio de ideas religiosas y de formas de vida. La nueva valoración de la persona modificó los modos de vestir, de trabajar, de hablar, de relacionarse y aún de comer; unos cambios que afectaron de manera muy especial a las mujeres. Niñas, jóvenes y adultas recibieron una enseñanza que fue cambiando sus vidas. Las leyes que se fueron promulgando afectaron también a la propia organización familiar indígena, al prohibirse, por ejemplo, la poligamia y los excesos paralelos a ella, como el adulterio o el amancebamiento. Se castigó también la vieja costumbre de entregar a las hijas doncellas a los poderosos "como fruta temprana".

La formalidad de los enlaces indígenas, celebrados con ceremonias precisas y con un ritual reconocido, y la monogamia generalizada llevó a reconocer como matrimonios legítimos las uniones de parejas anteriores a la conversión al cristianismo. Tan sólo se requería que los cónyuges se hubieran unido voluntariamente, con "affectus maritalis", y con la debida solemnidad. La poligamia de los nobles se vio como una excepción, que no afectaba a la legitimidad de la institución matrimonial y que era susceptible de remediarse siempre que el marido decidiera con cuál de las esposas había contraído verdadero matrimonio. Según el derecho canónico correspondía a la primera con la que se unió con el debido conocimiento, libertad e intención de mantener un afecto duradero. Sin embargo, el proceso de adaptación no fue radical ni repentino. Algunas costumbres cambiaron, otras arraigaron y otras tomaron aspectos de las dos tradiciones culturales hasta constituir parte de la identidad americana. Todavía en el siglo XVII algunos caciques lograban burlar la prohibición de poligamia, conservando junto a sí a varias esposas, aunque en casas separadas en torno a un mismo patio.

La mujer indígena fue también atendida en función del papel que le asignaba la sociedad hispana de la época, pues como madre podía y debía ser la evangelizadora de sus hijos. De ahí que se procurara educarla en la fe. Las niñas aprendían el catecismo, sirviéndoles de maestros los chicos más aventajados. También se crearon algunos colegios para hijas de indios principales, donde aprendían a coser, bordar y otras labores femeninas además de doctrina cristiana y otras costumbres.

Octaba calle, niña juguetona. Nueva coronica y buen gobierno, página 229

Los indios se consideraban vasallos libres de la corona de Castilla, pero con la obligación de pagar tributo, a diferencia de los españoles. El pago era obligatorio para todos los varones entre los 18 y los 50 años de edad; excepcionalmente y durante algún tiempo también pagaron algunas mujeres.

Tanto en Perú como en Nueva España muchas mujeres indígenas abandonaron sus asentamientos rurales de origen buscando una mejora del nivel de vida, atraídas por las nuevas expectativas que ofrecían las ciudades. Esto supuso en muchos casos una aceleración del proceso de aculturación al adoptar las costumbres castellanas y someterse a sus instituciones para integrarse en la nueva sociedad colonial.

A lo largo del siglo XVII comienzan a dibujarse las distancias culturales que separaron a las indias de los pueblos de las asentadas en los cascos urbanos. La propiedad privada, el sistema mercantil, el desarrollo de los ámbitos urbanos contribuyeron al relajamiento de los lazos de solidaridad étnica y el inicio del proceso de integración con la población urbana, blanca o negra, y que dio lugar al mestizaje. Estas mujeres indígenas vivían como sirvientes en las casas de familias blancas de prestigio. Algunas revelaban en sus testamentos que procrearon hijos de sus amos, quienes les donaron solares en la ciudad. La posesión de estos solares y la construcción de sus viviendas les permitieron alcanzar cierto grado de estabilidad familiar. Otras montaron mesones, donde alimentaban a blancos y mestizos, o se dedicaron al comercio. Eran proveedoras constantes de los mercados y de las ciudades y la lengua española no fue un obstáculo para ella, pues habitualmente supieron manejarse utilizando sólo su lengua materna. Si bien las ocupaciones más prestigiosas estuvieron a cargo de españoles, los modestos talleres de indios eran un lugar de trabajo digno y en el que gozaban de cierta consideración y libertad, sobre todo en comparación con los obrajes, donde hombres y mujeres trabajaban en régimen casi carcelario. Estas mujeres fueron, en definitiva, un apoyo indiscutible en la aculturación y constituyeron un puente entre las sociedades hispánica e indígena.