Bonifacio había estado en contacto con la masonería desde muy joven, concretamente con la logia Taliba, y empezó a colaborar también con la liga filipina tras el destierro de Rizal a Dapitán. Bonifacio era un líder de masas. Bajo su mandato el Katipunan tomó un gran impulso, aunque el movimiento se orientó sobre todo a los obreros y artesanos de escasos recursos, desplazando a la clase media intelectual que no gozaba de la confianza de Bonifacio. Su objetivo era la independencia de España y la eliminación de toda huella hispánica. En esta labor de difusión y organización del movimiento, Bonifacio contó con la ayuda de un grupo de mujeres que se comprometieron activamente con la causa independentista. Unas procedían, como la mayoría de los entonces afiliados, de sectores empobrecidos como Melchora Aquino, una aguerrida mujer que se unió al Katipunan y colaboró dejando su almacén para las reuniones. Precisamente fue allí donde fueron sorprendidos en agosto de 1896, Andrés Bonifacio y sus seguidores por las autoridades para impedir el alzamiento. Bajo el grito de "Viva el Katipunam, Viva Filipinas", Bonifacio atacó a los asaltantes y logró huir. Sin embargo, Melchora fue arrestada y confinada en la isla de Guam. No volvería al archipiélago hasta 1899 tras el establecimiento del poder norteamericano en Filipinas.
Detalle del monumento a Melchora Aquino
Pero tal vez el grupo más importante es el que se formó alrededor de la esposa de Bonifacio, Gregoria de Jesús. Desde su matrimonio trabajó activamente junto a él para organizar y preparar la insurrección. De hecho, fue la fundadora y vice-presidenta de la rama femenina del Katipunam, además de custodiar los documentos y el sello de la sociedad secreta. Su papel fue fundamental durante la organización de la revuelta. A pesar de la muerte de su marido a manos de la facción contraria dentro del Katipunan siguió luchando por la independencia hasta la firma de los acuerdos de Biak-na-bató.
Su mayor colaboradora fue Marina Dizon, procedente de una familia de fuertes sentimientos nacionalistas. Marina había sido iniciada por Gregoria en 1893. Era ella la que presidía los ritos para las mujeres, guardaba los informes y enseñaba a las nuevas la constitución y principios del Katipunan.
El 29 de agosto de 1896 comenzaron los levantamientos en varios puntos próximos a la capital. El gobernador mandó las tropas para reprimir con dureza las guerrillas formadas en Cavite, Bulacán, Morong, etc. En Cavite se encontraba Águeda Esteban, mujer de Mariano Barroga, un Katipunero, teniente coronel del Ejército Revolucionario. Desde Cavite, dónde fue asignado su marido, ella viajaba a Manila para comprar los materiales necesarios con los que fabricar armas y municiones. Águeda formó parte desde el primer momento en las batallas. Se la recuerda vestida de blanco, armada con un rifle y un bolo luchando contra las fuerzas españolas, como más tarde lo volvería a hacer contra las americanas. Estaba, por ejemplo, entre los soldados que, armados con rifles y machetes y liderados por el General Artemio Recarte, asaltaron con éxito la guarnición española de San Pablo en octubre de 1897. Por sus méritos en la batalla se le concedió en 1899 el título de Generala.
Algunos revolucionarios que se hallaban en Hong-Kong redactaron un manifiesto denunciando a España y solicitando la ayuda de las potencias internacionales. Pero, a la vez que se desarrollaba la guerra hispano-filipina, nacen en el seno del Katipunan divisiones internas: Se forman dos grupos enfrentados, uno encabezado por Bonifacio y otro por Aguinaldo. A fines de 1897 se firma el Acta de Tejeros, con la oposición de Bonifacio y sus seguidores, por la que se acuerda que Emilio Aguinaldo será Presidente de la futura República filipina.
En diciembre de 1897 se firmó con el nuevo gobernador Primo de Rivera el pacto de Biak-na-bató por el que gobierno filipino rebelde aceptaba abandonar el archipiélago y marcharse a Hong-Kong. Desde Hong-Kong, Aguinaldo inició las conversaciones con el gobierno de Estados Unidos que le prometió su apoyo. Efectivamente la escuadra americana venció a la española en la terrible batalla de Cavite el 1 de mayo de 1898. Las guerrillas filipinas iniciaron también el ataque en el territorio al mando de Aguinaldo. La rendición de España tuvo lugar el 14 de agosto de 1898.
En el resto de provincias e islas del archipiélago hubo también mujeres que colaboraron de forma muy directa en el proceso independentista, sin miedo a tomar las armas cuando fue necesario. En Visayas, en la ciudad de Santa Bárbara (Ilo-Ilo), Patrocinio Gamboa era conocida como la madre de los revolucionarios. Su posición social y el hecho de ser mujer la eximía de sospechas revolucionarias lo que le facilitó los desplazamientos para conseguir armas, municiones, fondos económicos o alimentos. Formaba parte del Comité Revolucionario que reconoció a Emilio Aguinaldo como Presidente de Filipinas. Precisamente fue ella la que consiguió que la nueva bandera fuera desplegada en la ceremonia inaugural del nuevo gobierno celebrada en Santa Bárbara el 17 de noviembre de 1898.
También en Ilo-Ilo Teresa Magbanua se unió al ejército rebelde venciendo las reticencias del propio general de las tropas. Ante su insistencia capitaneó un destacamento de tropas que luchó contra las fuerzas americanas. En Bulacan encontramos a Trinidad Tecson, que pertenecía a la rama femenina del Katipunan desde 1895. Como otras mujeres su actividad se desplegó tanto para conseguir armas como al mando de las tropas luchando al lado de los rebeldes filipinos. También luchó contra las fuerzas americanas hasta la rendición. El 21 de enero de 1899 quedó aprobada la constitución y el 23 es constituida oficialmente la República de Filipinas en la ciudad de Malolos. El presidente elegido fue Emilio Aguinaldo. Aguinaldo nombró a Trinidad Comisario de Guerra.
Muy pronto, el nuevo gobierno filipino se dio cuenta de que la ayuda americana tenía un precio. Estados Unidos no reconocía el nuevo estado republicano. Aguinaldo fue capturado y detenido y se inició la guerra americano-filipina (cuatro años de guerra en los que fueron destruidos pueblos enteros y cosechas). En 1902 se rindieron los filipinos y hasta 1946 Estados Unidos no concederá la independencia real de Filipinas.