Comentario
En 1537 Covarrubias es nombrado, junto con Luis de Vega, maestro mayor de las obras de los Alcázares Reales de Toledo, Madrid y Sevilla, lo que le obligó a rescindir su contrato como maestro mayor de la catedral de Plasencia obtenido días antes, tras la muerte de Juan de Alava. La nueva etapa que se abre con su actuación en las obras reales estará marcada por un progresivo abandono del decorativismo de sus intervenciones anteriores. Esa depuración de su léxico arquitectónico redundará en beneficio de la claridad compositiva y el sentido clásico de sus obras, que se plasmarán en estructuras definidas por el empleo siempre ortodoxo de los órdenes clásicos y en el uso ocasional de un tipo de decoración con intención completamente diferente de la del- repertorio utilizado con anterioridad. El nombramiento real obligaba a los arquitectos a turnarse en su ocupación de las obras, pasando cada uno seis meses al año en Toledo y otros tantos en Madrid. Esto se mantuvo hasta principios de 1543, cuando se decidió que Vega permaneciese todo el año en Madrid y Covarrubias en Toledo.
En 1536 se debieron empezar a tomar las decisiones necesarias para remodelar el antiguo Alcázar madrileño. La primera fase de tal intervención se dilató hasta 1539, llevándose a cabo el Patio del Rey, la Galería del Cierzo, el lienzo occidental -el contiguo a la capilla- del Patio de la Reina y la escalera biclaustral con salida a ambos patios. La escalera en forma de H -inicio de las investigaciones de Covarrubias sobre escaleras dobles y simétricas- y la división en dos patios son soluciones que están también presentes en las trazas de Covarrubias de 1541 para el Hospital Tavera de Toledo.
Estos patios estaban formados por dos galerías, la del piso bajo con arquerías sobre columnas y la del alto adintelada sobre zapatas, esquema tradicional ya visto en el Palacio Arzobispal de Alcalá de Henares; la solución de esquina, con medias columnas adosadas a un pilar, es la misma utilizada en Lupiana y que luego usará en Ocaña y el Tavera. A partir de 1540 y hasta 1549 se reformaron los artesonados de la capilla, el cuarto de la Vega y las tres torres y fachadas meridionales, que recogen el esquema de la del Alcázar de Toledo, compuesta por tres cuerpos separados por dobles columnas de órdenes superpuestos en los tres pisos -el alto es una galería de arcos entre columnas con escudo central- y columna única en los extremos.
Dadas las coincidencias estilísticas, el hecho de que en 1546 aún se ocupase de la obra desde Toledo y su intervención en la traza conservada del Alcázar, parece bastante evidente que estas obras se llevaron a cabo siguiendo los planos de Covarrubias o de éste y Luis de Vega. Incluso las intervenciones que tuvieron lugar entre 1550 y 1557, cuando el arquitecto toledano ya no tenía relación con la fábrica, recuerdan su estilo de esa época: ventanas de orden rústico, primer piso almohadillado y ático con galería de arcos, como en el Hospital Tavera.