Comentario

En la última década de su vida, entre otras obras hoy desaparecidas, Covarrubias se ocupó de la remodelación interior de la iglesia de San Clemente el Real (1562), tras un incendio, llevada a cabo por los Corral de Villalpando; su actividad fue fundamentalmente decorativa, limitándose a trazar una nueva ornamentación para las antiguas bóvedas estrelladas y sus arcos fajones, encasetonados y sostenidos por cariátides sobre ménsulas. De 1565 data su intervención en la Puerta de la Presentación de la catedral, en la que vuelve a formas usadas en su juventud y retomadas aquí para adecuarlas al edificio en el que interviene, con un cierto carácter historicista.
En 1568 proyectó la arquería baja de la fachada sur del Alcázar, traza en la que intervino Juan Bautista Castello el Bergamasco; no está claro si tal creación se plasmó en la actual galería con arcos de aparejo rústico o es la arquería que aparece en un grabado del siglo XVI. Sea como fuere, ésta fue la última actuación de Alonso de Covarrubias, jubilado por la catedral a mediados de 1566 con todos los honores y retirado de la obra del Alcázar en diciembre de 1569, cinco meses antes de morir.